Para o monitoramento das águas costeiras foram selecionadas áreas que apresentassem impactos derivados do uso ou que requeressem certo nível de qualidade para um uso específico. Essas áreas abrangem águas empregadas para alguma atividade específica ou influenciadas pelos usos mais comuns no litoral do Estado como: ocupação urbana com geração de esgoto doméstico, marinas, atividades portuárias e a maricultura. As áreas avaliadas estão apresentadas na tabela a seguir:

Rede de Monitoramento:

Município Área de Amostragem
Litoral Norte
Ubatuba Picinguaba
Baía de Itaguá
Saco da Ribeira
Caraguatatuba Tabatinga
Cocanha
Baía de Caraguatatuba
São Sebastião Canal de São Sebastião
Barra do Una
Baixada Santista
Bertioga Rio Itaguaré
Canal de Bertioga
Cubatão Canal de Piaçaguera
São Vicente Canal de São Vicente
Santos Canal de Santos
Emissário de Santos
Laje de Santos
Guarujá Emissário do Guarujá
Praia Grande Emissário de Praia Grande
Itanhaém Rio Itanhaém
Peruíbe Rio Preto
Litoral Sul
Iguape Mar Pequeno
Cananeia Mar de Cananeia