Para cada uso pretendido para as águas costeiras, requer-se um nível de qualidade e faz-se necessário um monitoramento específico, adequado às necessidades criadas pela atividade desenvolvida. Dessa forma, o monitoramento adotado deve dar subsídios tanto para garantir a qualidade requerida ao uso do recurso hídrico, como também para manter sua qualidade ambiental, visando o bem-estar e a saúde da população que utiliza esse recurso.

O objetivo geral deste monitoramento é, portanto, conhecer a qualidade da água da costa paulista, a partir da análise dos compartimentos água e sedimento, em pontos de monitoramento e frequência pré-estabelecidos e em concordância com as atividades econômicas desenvolvidas.

As amostragens de água e sedimento são realizadas com frequência semestral. O planejamento e a seleção dos parâmetros de qualidade foram definidos de acordo com as atividades desenvolvidas em cada região estudada e com a necessidade observada em cada uma, seguindo critérios de necessidade e importância de cada local e baseados em monitoramentos anteriores, considerando pontos que já faziam parte das campanhas realizadas pela CETESB e definindo-se outros considerados relevantes para um estudo sobre a qualidade da água costeira.

Todos os parâmetros de água são avaliados de acordo com os padrões de qualidade para a Classe 1 de águas salinas e salobras definidos na Resolução CONAMA 357/05, uma vez que ainda não ocorreu o enquadramento dessas águas.

Como para os sedimentos não existem padrões brasileiros, os resultados são comparados com os critérios de qualidade estabelecidos pela legislação canadense (CCME – Canadian Council of Ministers of the Environment, 2002).

Este guia estabelece dois tipos de valores limites para substâncias tóxicas, um para efeito limiar (ISQG ou TEL – threshold effect level) e outro acima do qual são observados efeitos severos (PEL – probable effect level).