A qualidade das águas interiores do Estado, em 2018, avaliadas pelo Índice de Qualidade das Águas (IQA), não apresentou alteração, mantendo aproximadamente 85%, dos 471 pontos monitorados, classificados nas condições Ótima, Boa e Regular.
O percentual de tratamento dos esgotos domésticos manteve-se superior a 60%. Novas estações de tratamento de esgotos entraram em operação nos municípios de Saltinho, Pereiras, Águas de Santa Bárbara, Botucatu, Miracatu, Eldorado, Americana, Bebedouro, Birigui, Conchal, General Salgado, Guaraçaí, Mogi das Cruzes, Mogi Guaçu, Palestina, Pontal, Sorocaba e Sumaré.
Exemplos bem sucedidos, na ampliação do tratamento dos esgotos, foram os registrados na bacia hidrográfica do Rio Piracicaba, que atingiu uma porcentagem de 77%, além dos investimentos em saneamento aplicados na sub-bacia do Zavuvus, afluente do Alto Pinheiros, que obteve uma recuperação dos níveis de oxigênio em suas águas.
Em 2018, a qualidade das águas do rio Tietê, no trecho localizado na cidade de Pirapora, para onde converge todo escoamento dos municípios que formam a Região Metropolitana de São Paulo (RMSP), pela primeira vez nos últimos 5 anos apresentou uma melhora do IQA, passando de Péssimo para Ruim, com um um decréscimo de 20% na carga orgânica que é exportada para o Médio Tietê.
Os menores índices pluviométricos, verificados nesta bacia em 2018, auxiliaram, também, na redução desta carga poluidora, em função do menor arraste de poluentes causados pelas chuvas.
As captações de água bruta, utilizadas para abastecimento público, em 80% dos pontos, foram classificadas nas categorias Ótima, Boa e Regular, de acordo com o índice específico (IAP).