O Aqüífero Serra Geral é formado por rochas bastante impermeáveis originadas por derrames basálticos da Formação Serra Geral e intrusões diabásicas, dessa forma, a produção de águas subterrâneas ocorre somente ao longo de falhas e fraturas das rochas e intercalação com rochas mais permeáveis.

Os basaltos afloram numa extensão de cerca de 20.000 km2, estendendo-se por toda a região Oeste e Central do Estado, localizadas em camadas inferiores aos sedimentos do Grupo Bauru. Sua espessura varia desde poucos metros, aumentando para Oeste, até 1.000 metros. Assim sendo, suas características hidrodinâmicas ficam melhor demonstradas pelos valores de vazão específica que variam entre 0,08 e 50 m3/h/m., com valor médio de 1,0 m3 /h/m.

A recarga para este aqüífero se dá através da precipitação pluvial sobre os solos basálticos, que vão atingir as regiões fissuradas da rocha matriz. Ocorre também um grande intercâmbio de água com o aqüífero Bauru, localizado acima, e também com o aqüífero inferior, constituído pelos arenitos Botucatu e Pirambóia. As principais saídas de drenagem desse aqüífero basalto são os rios.

Resultados do monitoramento de qualidade da CETESB para o Aqüífero Serra Geral: