A gestão do recurso hídrico subterrâneo prevê o monitoramento integrado da Qualidade e Quantidade. Assim, está sendo implantada uma rede, a ser operada pela CETESB e pelo CTH/DAEE, com recursos FEHIDRO e constituída de poços rasos especialmente destinados ao monitoramento do nível d’água e da qualidade, considerando que esses poços possam fornecer informações mais detalhadas sobre a influência das fontes de poluição.
Nessa rede, o nível d’água será mensurado diariamente nos poços de monitoramento, que estão sendo instalados preferencialmente distantes de atividades que interferem no nível d’água, como poços em bombeamento, barragens e outros, e próximos de estações Fluviométricas e Pluviométricas, com objetivo de contribuir para o cálculo do balanço hídrico regional. Os parâmetros de monitoramento da qualidade serão os mesmos analisados na Rede de Monitoramento de Qualidade da CETESB.
Estima-se que sejam necessários, no mínimo, 200 pontos de monitoramento integrado para obtenção de dados para subsidiar a gestão do recurso hídrico subterrâneo.