Desde a década de 70, a CETESB realiza o monitoramento da qualidade das praias paulistas, mantendo uma rede com 177 pontos de amostragem (incluindo a Ilha Anchieta), distribuídos ao longo dos 427 km da costa paulista. Este trabalho cobre os 15 municípios litorâneos do Estado de São Paulo. A CETESB coleta, todos os finais de semana amostras de água do mar em 170 pontos, ao longo de 150 praias, das 293 existentes no Estado de São Paulo. Essas amostras são enviadas aos laboratórios da CETESB, onde são realizadas as análises microbiológicas que fazem a contagem da concentração de bactérias fecais presentes na água. A avaliação da balneabilidade das praias utiliza critérios objetivos, baseados em indicadores microbiológicos que são monitorados. Os valores das concentrações desses indicadores são comparados aos padrões pré-estabelecidos, para que se possa identificar se a qualidade das águas está adequada ou não, ao banho de mar.

O programa de balneabilidade das praias está estruturado para atender às especificações da Resolução 274/00 do CONAMA (Conselho Nacional do Meio Ambiente), que define os critérios para a classificação de águas destinadas à recreação. O parâmetro indicador básico, utilizado para a classificação das praias quanto à sua balneabilidade, é a densidade de bactérias fecais presentes na água. Para fazer a classificação da qualidade das praias são utilizados os resultados das últimas cinco semanas e se mais de 80% desses resultados estiverem abaixo do limite estabelecido pela Resolução a praia é considerada adequada para o banho de mar. Semanalmente, é emitido um boletim contendo a classificação das praias quanto à balneabilidade. Este boletim é divulgado através da imprensa e distribuído às autoridades municipais, aos órgãos estaduais responsáveis pela saúde pública, pelo saneamento básico e ambiental e ainda, aos órgãos que trabalham com turismo. Fatores extraordinários, tais como a incidência de surtos epidêmicos de doenças de veiculação hídrica, derrames acidentais de petróleo, ocorrência de maré vermelha (floração de algas tóxicas), etc., poderão tornar temporariamente imprópria uma região do litoral. No entanto, as causas mais comuns para que isso aconteça estão relacionadas à presença de esgotos nas praias.

Em geral o litoral norte apresenta melhores condições de balneabilidade quando comparado à região da Baixada Santista. As melhores praias localizam-se principalmente afastadas dos centros urbanos. Geralmente quanto menor a ocupação urbana no local melhores as condições de balneabilidade da praia. Na Baixada Santista embora sejam mais raras as praias consideradas ótimas existem praias com boas condições de balneabilidade em todos os municípios. Os municípios com condições mais criticas, principalmente no verão, são: Santos, São Vicente e Praia Grande.

A informação sobre a balneabilidade das praias é fundamental para que a população conheça as condições de uso das principais praias do Estado. A divulgação das condições de balneabilidade é feita através da emissão de um boletim semanal, que é enviado para todas as prefeituras do litoral, órgãos de saúde e meio ambiente, órgãos envolvidos com turismo e a imprensa em geral.
Nas praias monitoradas existem bandeiras de sinalização indicando as condições de balneabilidade se a bandeira for verde a praia está própria se for vermelha a praia está imprópria. E possível, ainda, obter essas informações na Internet acessando o Boletim de balneabilidade ou o  mapa de qualidade das praias. Basta clicar no nome do Município desejado e a listagem de suas praias aparecerá, mostrando as respectivas condições de balneabilidade, representadas por uma bandeira à direita do nome da praia. Além disso, essas informações são divulgadas no Facebook e por meio do aplicativo da CETESB para telefones celulares.

Cursos de água contaminados por esgotos domésticos, ao atingirem as águas das praias, podem expor os banhistas a bactérias, vírus e protozoários. Estes microrganismos são responsáveis pela transmissão, aos banhistas, de doenças de veiculação hídrica tais como: gastroenterite, hepatite A, cólera, febre tifóide, entre outras. Do ponto de vista de saúde pública, é importante considerar não apenas a possibilidade da transmissão dessas doenças, mas também, a presença de organismos patogênicos oportunistas, responsáveis por dermatoses e outras doenças, como conjuntivite, otite e doenças das vias respiratórias. A doença mais comum associada à água poluída por esgotos é a gastroenterite. Essa doença ocorre numa grande variedade de formas e pode apresentar um ou mais dos seguintes sintomas: enjôo, vômitos, dores de estômago, diarréia, dor de cabeça e febre. Outras manifestações menos graves incluem infecções dos olhos, ouvidos, nariz e garganta. O fato da praia estar imprópria não significa que todas as pessoas que se banharem no local irão contrair alguma dessas doenças. Isso depende das condições imunológicas de cada um e do tipo de exposição de cada um ( se fica muito tempo na água, se mergulha a cabeça, se engole água ) A impropriedade significa que existe o risco de se contrair tais doenças. Nesse sentido recomenda-se que se EVITE:- Banhar-se em água do mar consideradas impróprias: – Tomar banho de mar após chuvas muito intensas – Banhar-se em canais córregos ou rios que deságuam no mar – Engolir água do mar.

O litoral da Estado de São Paulo vem sendo ocupado num ritmo muito acelerado e de forma desordenada. Um dos principais problemas causados por esse tipo de ocupação é a degradação ambiental, que acarreta uma série de conseqüências negativas e coloca em risco a saúde da população. A melhoria nas condições das praias é sobretudo uma questão de saneamento básico. O lançamento de esgotos “in natura” nos cursos de água, chega às praias e contamina o mar e a areia das praias. Daí a necessidade e importância de se tratar o esgoto, individual ou coletivamente, levando sempre em conta a solução mais adequada às condições sócio-econômicas e ambientais de cada praia . Assim, cabe aos órgãos competentes, municipais e estaduais, tratar o saneamento básico com responsabilidade, tanto do ponto de vista econômico quanto do de saúde pública, de modo a garantir a atratividade das praias como pólos de turismo, uma alternativa de grande importância para o desenvolvimento e a melhoria das condições de vida da população litorânea. No entanto, além dos esforços que devem ser empreendidos pelo Estado e pelas prefeituras a comunidade também deve desempenhar seu papel, sobretudo quando passa a exigir boas condições de balneabilidade para as praias que freqüenta. A participação da comunidade através de ações coletivas, tais como campanhas e atos públicos, são fatores fundamentais na busca de soluções para os problemas ambientais do município.

Existem dois fatores principais que influem na balneabilidade, o número de pessoas que encontra-se no litoral e as chuvas. No verão observa sempre uma piora das condições sanitárias das águas pelo fato de haver mais gente na praia e portanto uma maior quantidade de esgotos sendo gerada. O verão é também a época do ano mais chuvosa, o que contribui negativamente para as condições de balneabilidade uma vez que maior volume da água dos rios chega ao mar. Aqui cabe lembrar que, em sua grande maioria, os municípios litorâneos estão desprovidos de sistemas adequados para coleta, tratamento e disposição final dos esgotos. A presença de cursos de água afluindo diretamente a uma determinada praia (e provavelmente tendo recebido águas de córregos onde acorre o lançamento de esgotos) é mais um indicativo das más condições de balneabilidade de uma praia. As chuvas também contribuem para a deterioração da qualidade das águas das praias, pois nesses episódios recebem uma grande quantidade de esgotos, lixo e outros detritos, carregados através de galerias de águas pluviais, córregos e canais de drenagem. Assim, há um aumento considerável na densidade de bactérias nas águas litorâneas.

A CETESB não realiza um monitoramento regular para a classificação das areias das praias, pois não existe padrão legal no Brasil, nem na maioria dos países. Além disso, questões metodológicas e de representatividade amostral ainda estão sendo discutidas internacionalmente.·

Apesar disso, para a melhor compreensão do assunto e de forma complementar à avaliação a balneabilidade, desde de 2009, a CETESB avalia a qualidade sanitária das areias de um grupo de praias, anualmente durante o verão.

Os resultados dessas avaliações encontram-se nos relatórios de qualidade das praias litorâneas disponíveis em nosso site. Com base nestes estudos, foi possível verificar que a areia seca é mais contaminada que a areia úmida e que a concentração de microrganismos diminui com o fim da alta temporada e consequente diminuição de turistas no litoral.