Para o monitoramento das águas costeiras foram selecionadas áreas que apresentassem impactos derivados do uso ou que requeressem certo nível de qualidade para um uso específico. Essas áreas abrangem águas empregadas para alguma atividade específica ou influenciadas pelos usos mais comuns no litoral do Estado como: ocupação urbana com geração de esgoto doméstico, marinas, atividades portuárias e a maricultura. As áreas avaliadas estão apresentadas na tabela a seguir:
Rede de Monitoramento:
| Município | Área de Amostragem |
| Litoral Norte | |
| Ubatuba | Picinguaba |
| Baía de Itaguá | |
| Saco da Ribeira | |
| Caraguatatuba | Tabatinga |
| Cocanha | |
| Baía de Caraguatatuba | |
| São Sebastião | Canal de São Sebastião |
| Barra do Una | |
| Baixada Santista | |
| Bertioga | Rio Itaguaré |
| Canal de Bertioga | |
| Cubatão | Canal de Piaçaguera |
| São Vicente | Canal de São Vicente |
| Santos | Canal de Santos |
| Emissário de Santos | |
| Laje de Santos | |
| Guarujá | Emissário do Guarujá |
| Praia Grande | Emissário de Praia Grande |
| Itanhaém | Rio Itanhaém |
| Peruíbe | Rio Preto |
| Litoral Sul | |
| Iguape | Mar Pequeno |
| Cananeia | Mar de Cananeia |