Os efeitos da descarga de resíduos agrícolas, domésticos ou industriais, em ecossistemas aquáticos vão depender da capacidade desses ecossistemas de receber e assimilar os diferentes produtos lançados, o que, em última análise, depende de condições físicas, químicas e biológicas do ecossistema analisado, da quantidade de resíduos despejada no meio e das características químicas do poluente (Figura 10).

Um contaminante pode ser de origem inorgânica, como o chumbo ou mercúrio, ou orgânico, como coliformes provenientes de esgotos domésticos. Algumas substâncias têm apresentado problemas, com maior constância, para o meio aquático, como:
- Fenol
- Agrotóxicos
- Metais pesados
- Detergentes
- Amônia
- Óleos
- Ácidos/Bases
- Ânions (Sulfetos e Cianetos)